Bonjour, belle acquisition, je ne saurais trop te conseiller de lire attentivement la documentation, le manuel aux waters (un peu trivial désolé) et le plus souvent avec toi te permettra de très vite acquérir les bases pour bien utiliser ton boitier.
Pour ce qui est de la sous-exposition, je ne suis pas persuadé que celle de tes images s'explique par ce boitier, non, Bob, le d800 expose plutôt bien.
Pour sélectionner le NEF page 85 du manuel comme précisé plus haut par Frip :
Je te conseille compression sans perte, le meilleur choix à mon avis.
Bon réglage, j'espère que ton ordi est costaud parce qu'avec 36 mégas par image il va falloir être patient au traitement. Autre chose tu ne pourras exploiter 100% des possibilités de tes NEF qu'avec capture NX, les autres logiciels ne prennent pas en charge tous les réglages possibles.
Bonne photos !